黑金在监狱中时常给李三找麻烦，好在同牢房的马脸教了李三一些忍耐之道，李三才勉强活了下来。某天夜里，李三发现了马脸在挖地道，马脸告诉李三自己被判了50年，这也是无可奈何，李三答应帮他保密。
李毅终于康复，从方俊生口中得知城防图已经被日本人拿走，李毅回警署找陈宇对峙，却发现自己已被架空，实权早已落入陈宇之手。未免夜长梦多，陈宇找到监狱长钟原，设计杀死李三。在囚犯外出搬石时，钟原故意命人佯装守备松懈。
马脸一见有漏洞想要逃跑，李三劝阻马脸没有成功，结果马脸被守卫以越狱的罪名当场射杀，等拖到牢房时已经奄奄一息。马脸临终时告诉李三，自己本名李长山，十五年前老婆被人霸占，女儿也被抢了去，如果李三有再见天日之时一定要找到他的女儿。之后的李三为了苟活只能一味忍让。
终于，李三挖通了马脸留下的地道，谁知地道的另一头并不是监狱的出口，而是另一个牢房，是关着云中燕李云飞的特殊牢房。李云飞见李三筋骨奇佳，而且是自己的弟子李伟江的儿子，于是收起为弟子，将燕子功相传。
决战燕子门第5集剧情介绍李三所在的牢房来了一个叫小七的男孩，由于一些莫须有的小罪名而被关进牢房。小七作为新人，接受了惯例的“新人洗礼”，幸好有李三相救没被打死，小七对李三敬佩至极。
李三趁着深夜，进入李云飞的牢房，学习轻功，一些时日之后已小有成效。然而这个秘密被小七无意间发现。在监狱里，黑金发现李三的身手有点当年李云飞的影子，黑金觉得有些蹊跷。于是黑金抓走了小七，毒打之下，小七只好把李云飞的秘密说了出来。黑金早就听闻李云飞藏着一批倾国宝藏，就进入秘道找到李云飞。
李云飞虽然有一身绝世轻功，可在一个小小的牢房仍然无法与黑金抗衡。为了逼李云飞说出秘密，黑金威胁要杀李三。李云飞深知只能活下一个人，便假装将宝藏的秘密告知李三，而后，李云长咬舌自尽。
为了得到宝藏的秘密，黑金不得不留下李三的小命。何氏百般辛苦终于找到门路来探监，和儿子李三见上一面。而李三担心母亲见到自己的样子会更加担心，于是回绝了与母亲的见面。
