战机横空划过，战舰编队航行。
旗舰作战室里的海军东江基地少将参谋长鲁淮成下达：向敌滩头阵地实施火力突击，为登陆部队开辟通道的命令。各舰万炮齐鸣，滩头阵地硝烟四起。水陆两用坦克前导，冲锋舟一字型排列，朝滩头战地冲去。
冲锋舟上的陆站队大学生学员郑远海、谢庭群、于季东等在教官陈建军的指挥下，在炸弹的爆破烟雾中，攻占海滩，朝丛林纵深搜索。
陆战队学员在丛林中与女兵侦察队展开了近战，郑远海在同陆战队女兵连一班长秦思婷的格斗中，夺过她的匕首，戏弄地朝自己大腿刺去，没料匕首是真的，由此受伤住院。在一系列遭遇战中两人不打不相识的成为了朋友。
在残酷的训练中，“魔鬼”教官陈建军不讲情面的严格执教，使学员又怕他，又恨他，郑远海与他发生冲突，认为他是军阀作风，没有人道，陈建军则让他放下大学生的“臭架子”，在训练中似乎跟他过不去，专给郑远海小灶伺候。
郑远海倔强和顽强的个性给鲁淮成深刻的印象，他嘱咐秘书，回基地后调郑远海的档案。
旗舰剧照
大浪淘沙，在严格残酷的训练中，大学生学员于季东终于支撑不住了，他不顾老同学郑远海和谢庭群的劝阻，上交了离队申请回到地方，和来接他的林雪合办了公司，走上了经商的道路。
旗舰第2集剧情介绍郑远海的妹妹秀竹来到部队训练营地看望哥哥，洗衣服的谢庭群在小河边看见了漂亮的秀竹，当他知道这是郑远海妹妹时，兴奋地与秀竹聊了起来。
三个月的新兵训练结束了，郑远海豪放地宣称自己的理想是当舰长，并认为绝不会比现任的舰长差，鲁淮成喜欢这位有理想，有志气，甚至有些狂妄的年轻大学生，他默默地看着抽屉里老战友的照片：郑冀啊，你的儿子来接班了!于是。他开始了对郑远海特殊的励练。分配他到了基地养猪场工作。
郑远海万万没想到，自己报着当舰长的崇高理想，放弃了北大研究生来到海军，不但没能上舰，还成了饲养兵。一心想留在陆地机关里工作的谢庭群却被分到了基地的旗舰180上任见习导水长。两人都怀着不情愿的心态来到了各自的岗位。
养猪场的饲养兵姜喜子是个老兵，他愤怒地制止了朝猪发泄不满的郑远海，两个人从此开始了充满矛盾冲突和相互影响的生活。
谢庭群刚刚上舰，就赶上了出海值勤的任务，在波涛汹涌的大海上，他差点把苦胆吐出来。他所在的180舰接到基地指挥部的指示，命令前往公海，解救正被两艘外国军舰驱赶的台湾渔船，紧张的临战气氛，加剧了谢庭群的恐慌，他在一旁观察着导水长陈建军沉着镇定地做着战斗准备。
这时，突然一艘不明国籍的潜艇突然从水里冒出来，拦住了180舰航行的方向。
