雍正年间，南少林三十六房住持刘仁宣受方丈之命给皇上送密函，途中遭袭身亡。当年康熙帝将缴获倭寇的宝藏藏在南少林中，刘仁宣是受皇上之命将宝藏部分清单送往京城。
宝亲王弘历受雍正之命前往浙江海宁以寻医为名暗访倭寇内应，弘历途中遇吕四娘袭击。吕四娘父亲吕留良当年被雍正所杀，吕四娘女扮男装陆弘十找到当年父亲好友、“易神医”曹太虚杀弘历。
雍正派方世玉和北少林玄真继任三十六房住持和方丈，刘仁宣之死是师叔普照所为，他欲夺方丈之位和宝藏。
南少林三十六房第2集剧情介绍吕四娘要曹太虚和她一起报仇遭拒，与前来的弘历相遇，曹太虚趁机逃走。
吕四娘与弘历打赌，如自己用曹太虚最爱吃的狗肉将其骗出，弘历就与她进京城杀一个人，曹太虚被骗出，吕四娘与弘历相约广宁寺。
江浙总督府温荣玉为讨好弘历，将名妓小红安排给弘历，洽遇方世玉到府上求见，小红将求救纸条递给方世玉，方世玉与吕四娘将小红救出怡红院。
南少林三十六房第3集剧情介绍“陆公子”和曹太虚欲在广宁寺杀弘历，被方世玉救下，方世玉告别弘历继续前往北少林。
南少林三十六房剧照
普照一班人欲在方世玉茶中下药，被“陆公子”巧妙化解，“陆公子”对方世玉暗生情愫。
北少林内，方世玉见到玄真大师和他的徒弟云明，3人连同云惠一起前往南少林。
南少林三十六房第4集剧情介绍普照特来迎接，几次加害玄真，但玄真还是如期披上主持伽沙。
吕四娘师兄江南六侠之一白太官，追杀吕家仇人刘太3年，终将其人头祭在吕老先生坟前，与暗恋多年的吕四娘相会。
弘历回京，他在江南时屡次听到“往生极乐，天心月圆”，他询问雍正被拒绝。因倭寇猖獗，雍正再次派弘历前往海宁。
